出分了？那我可以塔塔开了

虽然我给的是1分，但是我必须说在前面：考试简单，给分不错，无非就是在教室里坐牢罢了，后面的同学们可以捏着鼻子放心选。

我的打分打的不是老师的给分。给分再好都消除不了我想骂的冲动。

稀烂的讲课水平、对着PPT张口就来的胡说八道，这些是我身边上课哪怕仅仅只听讲听过5分钟的同学的共有体会。之后选了这门课的同学，你们应该很能共鸣我们的感受，我不用再多说什么。

以及抽象操作之只申请了1班的期末考试而没有申请2班的，导致2班学生连教务系统里的考试通知都收不到。

最令我不满的是老师针对本科生。几次突击签到，还有所谓的学期作业，怎么都只在周二班搞？我找隔壁研究生多的周一班同学打听过，老师在那边可从来没搞过这些动作。周一班的人再少，老师也只是不满地说一句：怎么大家都不来上课。

最抽象的是，周二班下课补签的时候，某老师对来补签的研究生没有过多过问，但一看到有本科生，立马换了副样子，说“你们本科生怎么都不来上课”，还扬言要“告诉你们班主任”。找大四同学的班主任，不要笑挑战吗，我输了。

为什么上课的人这么少，老师你对自己的课程质量心里没点数吗？

想学习基因组学的同学，我推荐几篇文章，精读完大概是比听课学得多的：

基因组测序/组装策略：

The complete sequence of a human Y chromosome.，经典的hierarchical method【关注T2T联盟喵】

Efficient near-telomere-to-telomere assembly of nanopore simplex reads.，这是比较新的组装算法，可以仅使用ONT标准单链测序reads组装近T2T基因组

怎样利用基因组学讲好演化故事？（演化的故事讲法因地制宜，以下只能选取几个我觉得不错的）：

Hybrid origin of a primate, the gray snub-nosed monkey.，可以学习如何厘清谱系发生关系、探究成种事件

Adaptations to a cold climate promoted social evolution in Asian colobine primates. 

Nutritional specialization and social evolution in woodroaches and termites. 

Convergent and lineage-specific genomic changes shape adaptations in sugar-consuming birds.

以上三篇研究的基因组学分析全面扎实，放在顶刊里也是出类拔萃，讲故事的质量也是绝对一流，是小样本基因组研究的高水平。不管是用来学习怎么做生信分析、还是学习怎样从纷繁复杂的分析结果中梳理出一个有说服力且有价值的故事，都是极好的参考

怎样系统、全面地分析挖掘大样本，讲好大项目故事：

Large-scale ruminant genome sequencing provides insights intotheir evolution and distinct traits.

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

至于算法一类的东西，现查就行。

动物基因组注释看这个综述就够了：Tutorial: annotation of animal genomes.

至于建树，方法有很多，不过有一个巨史无比的神仙工具很值得学习：Progressive Cactus（参见文章：Progressive Cactus is a multiple-genome aligner for the thousand-genome era.）

以上都是针对传统的单一线性参考基因组的实验/分析手段。可以注意到，我前面挑的全是讲动物的文章，这是因为动物基因组学分析的面相相对而言最为亲善和蔼。

近来图泛基因组学越来越展现出它的强大能力，特别是在处理复杂多倍体时，值得学习跟进。例如可以学习以下研究（研究对象是甘蔗）：

Multiscale pangenome graphs empower the genomic dissection of mixed-ploidy sugarcane species.

以上文章，除那篇Tutorial综述外，均发表在Nature和Science。（太遗憾了没有发表在Cell的，Cell可能不大喜欢这类研究）